Il cortile nel quale siamo giunti è il Cortile d’Onore che assunse la forma attuale nella prima metà del XVI secolo, durante i pontificati di Leone X Medici e Paolo III Farnese.
Ci troviamo al primo livello della residenza del papa che oggi presenta l’aspetto e tutte le comodità di un vero e proprio palazzo rinascimentale, ampliato nei secoli e sviluppato su più livelli. I numerosi pontefici che risedettero nel castello diedero infatti origine a diversi appartamenti più o meno lussuosi, che solo in parte sono giunti sino a noi.
Il primo pontefice che si preoccupò di munire la fortezza di un’accogliente residenza fu Niccolò V (1447 - 1455) che, stabilendosi nel castello, progettò anche la costruzione di quattro bastioni, dei quali solo tre furono realmente realizzati. La sua dimora era dotata di due stanze che si affacciavano, probabilmente, su un piccolo cortile recintato. Di questa primitiva residenza papale si conserva oggi solo la struttura, profondamente modificata dagli interventi compiuti da Leone X  e Clemente VII, nell’arco del Cinquecento.
Più avanti potremmo invece ammirare l’appartamento che Paolo III Farnese, negli ultimi anni della sua vita, fece edificare sulla sommità della fortezza e decorare magnificamente sotto la sapiente regia di Luzio Luzi prima e di Perin del Vaga poi. 

Il Cortile dell’Angelo presenta una pianta rettangolare ed è chiuso, su un lato, dalle strutture delle cosiddette Armerie – un tempo destinate al corpo di guardia - e, sull'altro,  dal muro del Mausoleo di Adriano al quale sono addossate le murature rinascimentali della dimora pontificia. Se ci voltiamo indietro, possiamo vedere il prospetto della scala che abbiamo appena percorso. Un doppio fornice con una nicchia centrale, progettato verso la metà del Cinquecento da Raffaello da Montelupo per Paolo III Farnese, decora armoniosamente la facciata, inquadrando due rampe di scale: una che scende e l’altra che sale al camminamento di ronda. Sotto il piccolo timpano triangolare e sopra le arcate possiamo leggere un’iscrizione che ci permette di datare l’impresa al 1547 e di attribuirne la committenza al papa Paolo III Farnese, del quale compare più volte l’emblema araldico del Giglio. Il lato opposto del cortile è invece impreziosito dal prospetto della Cappella di Leone X, realizzata su disegno di Michelangelo Buonarroti nel 1514. Il grande artista lavorò qui, dopo aver affrescato la volta della Cappella Sistina, nella primissima fase della sua attività architettonica.
Su ambedue i prospetti brevi possiamo vedere due busti maschili, realizzati da Guglielmo della Porta nel 1540 circa e inseriti all’interno di grandi nicchie circolari che presentano belle cornici sormontate dal Giglio farnesiano. 

Il San Michele Arcangelo di Raffaello da Montelupo. Spostiamoci ora al centro del cortile, ai piedi della statua raffigurante San Michele Arcangelo. Realizzata da  Raffaello da Montelupo nel 1544, utilizzando ali di bronzo traforate e un marmo antico, precedentemente abbozzato, l’opera presenta alcune imperfezioni, dovute al riuso del marmo.
Rimasta per oltre duecento anni sulla terrazza più alta del castello, la scultura fu rimossa nel 1747 e sostituita da quella attuale, in bronzo, di Peter Anton van Verschaffelt. Da allora, con il trasferimento della statua di Raffaello da Montelupo in questo cortile, esso è denominato il Cortile dell’Angelo.

Alle spalle della scultura dell’Angelo, in basso, possiamo vedere la grande finestra a bocca di lupo che illumina la Cella sepolcrale del Mausoleo di Adriano. Al di sopra di essa possiamo invece notare le finestre, aperte in epoca rinascimentale per permettere alla luce e all’aria di entrare negli ambienti destinati forse in origine ad accogliere le tombe imperiali e successivamente trasformati ad uso dei pontefici.
Una grande scala, visibile in fondo al cortile, vicino alla cappella, fu realizzata forse nel Cinquecento da Raffaello da Montelupo per mettere in comunicazione il Cortile dell’Angelo con la Loggia sul Tevere e quindi con l’ingresso al Salone di rappresentanza dell’appartamento di Paolo III. A quell’epoca risale, di fatto, l’arco superiore che è attribuito proprio a Raffaello da Montelupo. Sul pilastro posto a conclusione del parapetto a sinistra della cordonata è conservata una palla marmorea decorata con Api in rilievo, a memoria dei lavori fatti eseguire da papa Urbano VIII Barberini in quest’ala del castello nel corso del Seicento.