Spostiamoci ora verso la facciata della Cappella di Leone X per entrare negli appartamenti pontifici attraverso la porta che si apre alla nostra sinistra. Entriamo nella Sala di Apollo, una delle più belle del castello, che prende il nome dai soggetti raffigurati sulle pareti.
Collocata sotto la Sala Paolina, della quale parleremo più avanti, la Sala di Apollo era detta anche "Sala vecchia", perché realizzata, forse già nel XV secolo, come le adiacenti Sale di Clemente VII e la cappella, prima della "nuova" sala di rappresentanza, la Sala Paolina appunto, voluta dal pontefice Paolo III nel più moderno appartamento fatto costruire al piano di sopra.
Lo stesso papa Paolo III, verso la metà del XVI secolo, fece ristrutturare questa "vecchia" sala, forse per metterla in collegamento proprio con l’appartamento che nel frattempo si stava facendo costruire al piano superiore oppure perché era adiacente a l'altro ambiente che avrebbe trasformato egli stesso nella "Sala di Giustizia".
Il ciclo di affreschi presente sulla volta ribassata, raffigurante le Storie di Apollo, fu commissionato nel 1545 a Perin del Vaga e, dopo la sua morte, fu ultimato da Domenico Zaga nel 1548.
La scelta di raffigurare episodi del mito di Apollo si giustifica con l’intento auto-celebrativo del pontefice che volle paragonarsi al dio Sole, protettore delle arti e giudice equo.
Il suo stemma, infatti, è ancora visibile, anche se abraso, al centro esatto della volta, sulla quale tutto intorno, tra eleganti grottesche a fondo bianco, sono rappresentate le prime scene illustranti il mito di Apollo: la morte di Coronide, Apollo che affida al centauro Chirone il figlio Asclepio nato da Coronide, Apollo che uccide i ciclopi per vendicare la morte di Asclepio, Apollo pastore di Admeto, Marsia che osa contrapporsi a Apollo in una gara musicale con il flauto rubato ad Atena, e subisce poi il supplizio dello scuoiamento legato ad un albero, la Contesa di Apollo e Pan con la punizione di Mida, giudice parziale al quale Apollo fece crescere delle orecchie d'asino per aver "defraudato" della vittoria contro Pan.

Nei quattro riquadri rettangolari al centro delle sezioni della volta, tra le lunette, si susseguono altre quattro scene rappresentanti: Apollo e Nettuno che costruiscono le mura di Troia, Apollo e Dafne, la strage delle Niobidi, Latona che trasforma in rane i vaccari che volevano scacciarla dalla sorgente Melita.
Nei pennacchi della volta possiamo vedere le imprese del committente: quella del Giglio di Giustizia e quella del Delfino con il Camaleonte, riferibili entrambe alla sua personalità di uomo riflessivo e svelto nelle azioni.
Sulle pareti sono dipinte le allegorie delle Arti liberali: Grammatica, Retorica, Dialettica, Aritmetica, Geometria, Musica e Astronomia, e due Nudi affrontati in pose araldiche. 

Sulle pareti invece possiamo ammirare delle edicole a colonnine con i simulacri delle nove Muse.
Abbassando lo sguardo, sul pavimento in cotto notiamo la presenza di tre aperture: la prima si riferisce a un condotto per le acque piovane, la seconda è la parte terminale di uno dei quattro sfiatatoi del Mausoleo di Adriano – che arrivavano sino al piano del giardino pensile,  corrispondente a questo nel quale ci troviamo – e la terza è il vano dell'ascensore realizzato nel 1735 per mettere in comunicazione il piano più basso del monumento con quello più alto.
Prima di uscire dalla sala guardiamo insieme il bellissimo camino di marmo, con l’iscrizione a lettere dorate che ricorda il "pontefice massimo" Paolo III Farnese.

La Cappella dei Santi Cosma e Damiano

Dalla Sala di Apollo si raggiunge la piccola Cappella dei Santi Cosma e Damiano.

Le ridotte dimensioni della Cappella dei Santi Cosma e Damiano (detta anche Cappella di Leone X) la rendono molto intima e ci lasciano intendere che fosse ad uso del solo pontefice e di qualche altro illustre ospite del castello. La cappella assunse l'aspetto attuale nel Cinquecento, all'epoca di Leone X Medici, che la consacrò ai santi patroni della sua casata, Cosma e Damiano, "medici" come i suoi avi.
Il committente dei lavori che videro impegnato, in prima persona, il giovane Michelangelo Buonarroti, viene celebrato, sia sulla volta, dove possiamo riconoscere lo stemma con le palle araldiche dei Medici sia sul pavimento, dove vediamo raffigurato l’animale che porta lo stesso nome del pontefice Leone.
La pala d'altare, raffigurante la Madonna con Bambino in trono e attribuita a Raffaello da Montelupo è invece qui collocata solo dal XX secolo.
Prima di entrare nella cappella, sulla sinistra possiamo vedere una piccola scala che conduce agli appartamenti siti ai piani superiori, in particolare, all'Appartamento farnesiano del quale parleremo più avanti.