Haut lieu de la mystique nationale autour de la tombe du premier roi chrétien Clovis, le Panthéon deviendra aussi le haut lieu de la mystique révolutionnaire avec les restes des penseurs et des acteurs de la Révolution. 

De la nouvelle église abbatiale au Panthéon : Avant de devenir le temple civique de la République, ce fut d'abord une nouvelle église monumentale dédiée à Sainte-Geneviève, patronne de Paris enterrée au côté du premier roi Franc chrétien, Clovis. Voulue par Louis XV, elle devait être à la hauteur de ce haut lieu de l'Histoire de la fondation du Royaume de France et de l'enracinement mystique de la légitimité royale et de la Monarchie de Droit divin. En 1744 Louis XV, gravement malade, avait fait le vœu, s'il guérissait, de construire une nouvelle église en haut de la Montagne Sainte-Geneviève en remplacement de la vieille église abbatiale. Le projet, confié à Soufflot en 1755, est un plan centré en forme de croix grecque coiffée d'une immense coupole à colonnade qui culmine à 92 mètres défiant  les lois de l'équilibre architectural par les poussées qu'elle exerce. La majestueuse façade à portiques corinthiens inaugure l'âge néo-classique.  Au centre se trouvait la châsse contenant les reliques de Sainte Geneviève, patronne de Paris et une crypte fut aménagée au sous-sol. Elle avait trois entrées, deux clochers et 42 larges baies qui éclairaient magnifiquement l'intérieur, vous pouvez voir leur emplacement sur la façade latérale gauche du monument. On comprend mieux pourquoi les Révolutionnaires tenaient tant à transmuer ce symbole de la Monarchie de Droit Divin en un haut lieu de la Révolution.  

Temple civique de la Révolution : L'église, magnifique réalisation du siècle des Lumières, fut  transformée en Panthéon, temple civique de la Révolution. En 1790, l'abbaye Sainte-Geneviève, comme les autres congrégations religieuses, fut frappée par la loi de nationalisation de l'Eglise de France, entraînant la confiscation par l'Etat des biens du Clergé, ainsi que la loi d'interdiction les ordres réguliers au nom de la liberté individuelle. L'Assemblée nationale constituante décida en avril 1791 de transformer cette église qui venait d'être achevée et n'était pas encore consacrée, en Panthéon destiné aux sépultures des hommes illustres ayant rendu des services à la Patrie : « que le temple de la religion devienne le temple de la Patrie, que la tombe d'un grand homme devienne l'autel de la liberté ». Les clochers furent rasés, les baies et les portes latérales murées (on peut voir leur emplacement sur les murs latéraux), la croix du Dôme enlevée. Sur le fronton fut inscrit : « Aux grands hommes, la patrie reconnaissante ».  

Mirabeau, premier révolutionnaire au Panthéon : Mirabeau fut le premier à y trouver sa sépulture par décision de l'Assemblée. Le 2 avril 1791 son corps est porté au Panthéon de nuit à la lueur des flambeaux. Convaincu de trahison à l'époque de la Terreur, en novembre 1792, son cercueil fut sorti du Panthéon par une porte latérale au moment où le cœur de Marat, chef du parti des Enragés, assassiné par Charlotte Corday, franchissait la porte d'honneur. La cérémonie laïque et républicaine fut célébrée dans une pompe et un décorum quasi religieux, Robespierre l'Incorruptible fit un discours sur « cet homme pur qui terrorisait et épouvantait les contre révolutionnaires et les royalistes ».

Le « Saint-Denis de la République laïque » : La Révolution allait avoir ses cultes, ses martyrs et ses saints et surtout son temple, le Panthéon. A son tour considéré comme traître par l'Assemblée thermidorienne qui mit fin à la Terreur en août 1794, Marat sera  « dépanthéonisé » en février 1795, comme l'avait été Mirabeau. Des cérémonies de ce type se succédèrent au cours de la révolution, avec des processions  qui suivaient des itinéraires précis. Déjà le 11 juillet 1791, sur décision de l'Assemblée « girondine » les restes de Voltaire avaient été transférés au Panthéon, marquant le lien entre la Philosophie de Lumières et la Révolution. Ce sera une des premières cérémonies révolutionnaires et la première affirmation du Panthéon comme temple laïc. En avril 1794, ce sont les restes de Rousseau qui y seront transférés. A cette occasion Robespierre développa, avec la notion de « Vertu »,  l'idée d'une base spirituelle et mystique de la Révolution fondée sur l'amour de Patrie et de ses lois. Les dogmes de cette morale nouvelle seront célébrés au cours de cérémonies civiques dédiées à la Déesse Raison. Mais Robespierre lia la « Vertu » révolutionnaire à la Terreur et au maintien de la Dictature de Salut Public alors que la République n'était plus en danger. Ce fut la pomme de discorde avec Danton et les Indulgents décapités en avril 1794. La réaction Thermidorienne d'août 1794 y mettra fin. Le Panthéon devint le « Saint-Denis de la République laïque ».